沉水植物的根能吸收底泥中的N、P，茎和叶能吸收水体中的N、P，比其他水生植物具有更强的富集N、P的能力。其生长过程使水体的pH以及藻类含量的变化，使铁磷、有机磷等主要化学形态磷的释放得到明显的控制，同时沉水植物的生长使沉积物中总磷水平也有明显的降低。沉水植物不仅可以吸收富营养化湖水中的磷，亦可抑止沉积物和上覆水中的碱性磷酸酶活性（APA），并抑制沉积物的再悬浮，使上覆水中各种形态磷浓度均保持在较低的水平，对于控制内源磷释放有抑制作用。

沉水植物的生长繁殖过程需要大量营养，沉水植物的根、茎、叶在水中形成的富氧环境，整体植株表面形成生物膜能高效的降解水中的高锰酸盐指数、氮、磷的含量，而根系膜内微生物产生的多聚糖能有效吸附水中悬浮物。