微生物治理，简而言之即利用微生物的功能特性进行水污染治理。水生态修复涵盖“生态”和“修复”两个概念，即觉得水生态修复不仅仅是水质的净化或者污染物的祛除，“生态”成分异常重要。对于河道而言，没有“生态”的水体不能称之为自然水体，“生态”是一个概念，具体到物象化即指：微生物、浮游生物、底栖类动物、鱼、虾、水生植物等方方面面，它们共同构成了水环境的“生态系统”，其中微生物是整个生态系统的根据，没有微生物，生态即不完整，如大楼没有地基，上层建筑随可能坍塌。因此，出于微生物的重要性考虑，运用微生物的技术工艺可以说是在水生态系统治理中唯一正确的 技术方向。
根据微生物治理技术的运用手段不同，大致分为以下集中技术：