原位生物修复技术是目前较为安全、绿色的底泥治理方法，但除植物修复法外的传统微生物法是通过投加一定量的针对性菌种来达到某污染因子的去除效果，由于菌种自身和河道C原等情况，外来菌种在实际河道中生存能力弱，无法进行长期正常的分裂繁殖，且存在生物递减性，因此方法只适用于适用于污染不过于严重的黑臭水体底泥的短期应急处理。

当下，联合修复是河湖治理、底泥修复的常用手段。生物和植物联合修复技术相较来说应用较广。生物和植物联合修复需要建立生物和植物的共生环境，生物生长载体是由植物提供的，生物对河道底泥中的污染物进行降解，富集重金属反向利于植物生长。但该技术在实际应用过程中，植物和生物种类需要进行严格筛选，选择厌氧菌类或是兼性厌氧菌类等生物，植物要优先选择根系较为发达的种类。联合修复技术还包括生物促进剂和微生物的有机结合、微生物和曝气连接修复技术等。

苏州硕亚环保科技有限公司自主开发的“ISSAPGPR原位生态修复技术”是把激活原位PGPR所需的各种营养物质一益生元(碳源、微量元素、蛋白质及其它载体)通过纳米技术及微包覆技术制成均匀颗粒，投放在人工建立的繁殖平台上，利用缓释技术把这些营养物质提供给水环境中的PGPR微生物益生菌，这些PGPR被连续不断的激活并因不断被提供能量和营养而可以大量连续繁殖。通过PGPR微生物建立高效食物链来降低水体中的富营养物质如氮、磷等,有效解决了传统微生物法的短板问题，是目前更为先进、安全、有效的水环境生态修复技术。在实际应用过程中以ISSAPGPR原位生态修复技术为主导技术，根据河道底泥具体情况选择合适的联合修复技术进行处理处置，不仅可以达到更好的处理效果，还可以有效清除河道中的污染物质。